記事一覧ページをカテゴリーごとに違うデザインにするには、archive.phpに条件分岐でかき分けることになる。カスタム投稿タイプであれば、archive-×××.php(×××はカスタム投稿タイプのスラッグ)を作るだけでOK。
記述例
newsとかblogになっているところに、カテゴリースラッグを書く。
<?php if(in_category( array('news')) ): ?>
<!-- ここにnews用のループを書く -->
<?php elseif(in_category( array('blog')) ): ?>
<!-- ここにblog用のループを書く -->
<?php endif; ?>