トップページにだけって場合用にbodyに振り分けたIDで条件分岐する。

$(function() { 
  if ($('body').attr('id') == 'top') {
　　　　//ここに書く
  }
});

wordpressのheader.phpで振り分けした方が良いような。。。要検証。

参考サイト

• jQueryでのif文の書き方（else,else ifなども）